مطالعه بیوانفورماتیکی بیماری ورم پستان گاو ایجاد شده توسط لیپوپلی ساکارید اشرشیاکلی با استفاده از داده‌های ریزآرایه

  سابقه و هدف: به منظور توسعه استراتژی‌های جدید برای جلوگیری از ورم پستان از نوع اشرشیاکلی، داشتن فهم درست از جزئیات و مکانیسم‌های مولکولی درگیر در پاسخ‌های ایمنی میزبان به این باکتری ضروری می‌باشد. در این تحقیق با استفاده از اطلاعات ترانسکریپتومیکس موجود به مطالعه بیوانفورماتیکی این بیماری پرداخته شد. مواد و روش‌ها: داده‌های حاصل از مطالعه گیلبرت و همکارانش که با استفاده از تکنیک ریزآرایه انجام شده بود از سایت GEO استخراج گردید. بر اساس داده‌های استخراج شده با استفاده از پایگاه داده String برهمکنش بین پروتئین‌ها شناسایی شده و توسط نرم‌افزار Cytoscape شبکه برهمکنش پروتئین – پروتئین آن رسم گردید. آنالیز‌های شبکه جهت یافتن هاب‌ها و دسته‌بندی بر اساس GO برای هر شبکه توسط CluGO-Clue-pedia انجام شد. یافته‌ها: شبکه برهمکنش پروتئین - پروتئین از ژن‌هایی با بیان متفاوت در بافت پستان گاو آلوده شده با لیپوپلی ساکارید برگرفته از باکتری E. coli بعد از گذشت 3 و 6 ساعت تعیین شد. بخش‌های مشترک دو شبکه انتخاب شد و در آنالیز شبکه حاصله، ژن‌های IL6، IFIH1، PARP14 ،IL1B ،ISG15 ،GRO1 ، IFIT3، CCL5، ICAM1، IRF9 و NOS2 دارای بیش‌ترین درجه بودند که به عنوان هاب‌های شبکه عمل می‌کنند. آنالیز خوشه‌بندی بر اساس GO، مهم‌ترین فرآیندهای بیولوژیکی، عمل‌کردهای ملکولی، جایگاه سلولی، فرآیندهای سیستم ایمنی و مسیرهای حاکم بر اساس پایگاه KEGG تعیین شد.  نتیجه‌گیری: نتایج نشان داد که با افزایش زمان حضور پاتوژن در میزبان تعداد برهمکنش‌ها در پروتئین‌های هاب هم‌راه با افزایش است بنابراین این پروتئین‌ها می‌توانند کاندیدای هدف‌های دارویی باشند